Según un informe publicado por el Tribunal de Cuentas Europeo, El Informe Especial n.º7/2017: «Nueva función de los organismos de certificación en el gasto de la PAC: contribución positiva a un modelo de auditoría única, pero con insuficiencias significativas por resolver», la nueva función de los organismos nacionales de auditoría consistente en controlar la legalidad y regularidad del gasto en la Política Agrícola Común (PAC) constituye un avance positivo, pero el marco actual concebido por la Comisión Europea presenta insuficiencias significativas. Los auditores examinaron el marco establecido para permitir a los organismos de certificación nacionales formarse una opinión conforme a la normativa de la UE y a las normas internacionales de auditoría. Asimismo, formulan una serie de recomendaciones de mejora, que deberán incluirse en las nuevas directrices de la Comisión cuya entrada en vigor está prevista a partir de 2018.
Informe completo: 
sr_certification_bodies_es.pdf
A partir de 1996 los organismos de certificación designados por los Estados miembros han procedido a la auditoría independiente de sus respectivos organismos pagadores nacionales encargados de los gastos de la PAC. Desde 2015, también han tenido que emitir un dictamen sobre la legalidad y regularidad del gasto para el que se solicita el reembolso a la Comisión.
João Figueiredo, el Miembro del Tribunal de Cuentas Europeo encargado del informe, reconoce que la nueva función de los organismos de certificación es un avance positivo ya que puede ayudar a los Estados miembros a reforzar sus controles y a reducir los costes de auditoría. También permite a la Comisión obtener garantías adicionales independientes sobre la legalidad y regularidad del gasto.
Sin embargo, los auditores concluyen que «el marco concebido por la Comisión para el primer año del nuevo sistema presenta insuficiencias significativas. A raíz de ello, los dictámenes de los organismos de certificación no cumplen plenamente las normas y reglas de auditoría en ámbitos importantes».
Los auditores señalan que el modelo de garantía de la Comisión sigue basándose en las estadísticas de control de los Estados miembros. En 2015, el dictamen emitido por los organismos de certificación solo se consideró un factor a tener en cuenta. Sin embargo, los auditores afirman que, a condición de que el trabajo de estos organismos se lleve a cabo de manera fiable, debería convertirse en el elemento clave.
Los auditores pusieron de manifiesto varias insuficiencias en las directrices, referentes al riesgo de inflar el nivel de garantía que pueden obtener de los controles internos, la representatividad de las muestras, el tipo de controles permitidos, el cálculo de dos porcentajes de error diferentes y la forma de utilizar estos porcentajes, así como los dictámenes basados en el error subestimado.
En particular, los auditores recomiendan que la Comisión:
- utilice los resultados de los organismos de certificación como el elemento clave de su modelo de garantía, siempre que su trabajo sea adecuadamente definido y ejecutado;
- exija a los organismos de certificación el establecimiento de salvaguardas apropiadas para garantizar la representatividad de sus muestras;
- permita a los organismos de certificación efectuar controles sobre el terreno y aplicar procedimientos de auditoría que consideren adecuados;
- exija a los organismos de certificación el cálculo de solo un porcentaje único de error en relación con la legalidad y regularidad;
- garantice que el nivel de error notificado por los organismos pagadores en sus estadísticas de control está debidamente incluido en el porcentaje de error de los organismos de certificación.
